《辦法》共分八章三十一條。《辦法》明確強制醫療執行檢察的任務是保證國家法律法規在強制醫療執行活動中正確實施，維護被強制醫療人的合法權利，保障強制醫療執行活動依法進行；強制醫療執行檢察的職責包括對法院、公安機關的交付執行活動以及對強制醫療機構的收治、醫療、監管等活動是否合法實行監督，對強制醫療執行活動中發生的職務犯罪案件進行偵查等。《辦法》規定強制醫療執行檢察職責由檢察院刑事執行檢察部門負責。針對目前我國強制醫療機構的名稱和管理體制沒有明確規定的實際情況和有關文件規定，《辦法》規定檢察院對強制醫療所的強制醫療執行活動可以實行派駐檢察或者巡回檢察，對受政府指定臨時履行強制醫療職能的精神衛生醫療機構應當實行巡回檢察。
為了防止正常人“被精神病”和應當被追究刑事責任的人“假精神病”問題的出現，《辦法》第九條、第二十二條分別規定：檢察院發現強制醫療機構收治未被法院決定強制醫療的人的，應當依法及時提出糾正意見；檢察院發現被強制醫療人不符合強制醫療條件，法院作出的強制醫療決定可能錯誤的，應當在五個工作日以內報經檢察長批準，將有關材料轉交作出強制醫療決定法院的同級檢察院，收到材料的檢察院公訴部門應當在二十個工作日以內進行審查，并將審查情況和處理意見書面反饋負責強制醫療執行監督的檢察院。
為依法保障被強制醫療人的合法權益，《辦法》規定了檢察機關依法對強制醫療機構的醫療、監管活動及解除強制醫療活動進行監督，發現有毆打、體罰、虐待或者變相體罰、虐待被強制醫療人，違反規定對被強制醫療人使用約束措施，沒有依照規定保障被強制醫療人生活標準，沒有依照規定安排被強制醫療人與其法定代理人、近親屬會見、通信，沒有定期對被強制醫療人進行診斷評估，對于不需要繼續強制醫療的被強制醫療人沒有及時向作出強制醫療決定的人民法院提出解除意見等違法情形的，應當依法及時提出糾正意見。《辦法》同時規定，檢察院應當及時審查處理被強制醫療人及其法定代理人、近親屬的控告、舉報和申訴；應當在強制醫療機構設立檢察官信箱并定期開啟檢察官信箱；檢察人員應及時與要求約見的被強制醫療人或者其法定代理人、近親屬等談話，聽取情況反映，受理控告、舉報、申訴等。
此外，《辦法》還規定了檢察機關發現強制醫療執行活動中執法不規范、安全隱患等問題的檢察建議制度，發現在強制醫療活動中公安機關、法院、強制醫療機構工作人員違法違紀行為的處理程序，以及檢察人員在強制醫療執行監督中違紀違法的責任追究制度。針對檢察機關對2013年以前公安機關決定強制醫療的精神病人被執行強制醫療的活動是否要監督的爭議，《辦法》明確了2012年底以前公安機關依據刑法第十八條的規定決定強制醫療且2013年以后仍在強制醫療機構執行強制醫療的精神病人，檢察機關應當對其被執行強制醫療的活動實行監督。